Ngành Dương xỉ được cho là có nguồn gốc từ lớp Cladoxylopsida đã tuyệt chủng tồn tại trong Kỷ Devon và Kỷ Than đá.

Thomas Cavalier-Smith phân loại dương xỉ còn sinh tồn như sau:

• Lớp Mộc tặc Equisetopsida [= Sphenopsida]
  • Bộ Mộc tặc Equisetales
    • Họ Equisetaceae
  • Bộ †Pseudoborniales: họ duy nhất †Pseudoborniaceae, chi duy nhất †Pseudobornia
  • Bộ †Sphenophyllales: họ duy nhất †Sphenophyllaceae, chi duy nhất †Sphenophyllum
• Lớp Dương xỉ tòa sen Marattiopsida: Bộ duy nhất Marattiales, họ duy nhất Marattiaceae (còn được gọi Angiopteridaceae, Christenseniaceae, Danaeaceae, Kaulfussiaceae)
  • • • Chi Angiopteris, Christensenia, Danaea, Eupodium, Marattia, Ptisana
• Lớp Quyết lá thông Psilotopsida
  • Bộ Lưỡi rắn Ophioglossales
    • Họ Ophioglossaceae (còn được gọi Botrychiaceae, Helminthostachyaceae)
  • Bộ Quyết lá thông Psilotales
    • Họ Psilotaceae (còn được gọi Tmesipteridaceae)
• Lớp Dương xỉ thật sự Pteridopsida [= Filicopsida, Polypodiopsida]
  • Bộ Cyatheales
    • Họ Thyrsopteridaceae
    • Họ Loxomataceae
    • Họ Culcitaceae
    • Họ Plagiogyriaceae
    • Họ Cibotiaceae
    • Họ Cyatheaceae (gồm Alsophilaceae, Hymenophyllopsidaceae)
    • Họ Dicksoniaceae (gồm Lophosoriaceae)
    • Họ Metaxyaceae
  • Bộ Gleicheniales
    • Họ Gleicheniaceae (gồm Dicranopteridaceae, Stromatopteridaceae)
    • Họ Dipteridaceae (gồm Cheiropleuriaceae)
    • Họ Matoniaceae
  • Bộ Hymenophyllales
    • Họ Hymenophyllaceae (gồm Trichomanaceae)
  • Bộ Osmundales
    • Họ Osmundaceae
  • Bộ Polypodiales (xem hình)Adiantum lunulatum trong họ Pteridaceae.
    • Họ Lindsaeaceae (gồm Cystodiaceae, Lonchitidaceae)
    • Họ Saccolomataceae
    • Họ Dennstaedtiaceae (gồm Hypolepidaceae, Monachosoraceae, Pteridiaceae)
    • Họ Pteridaceae (gồm Pellaeaceae, Adiantaceae, Ceratopteridaceae, Cryptogrammaceae)
    • Họ Aspleniaceae
    • Họ Thelypteridaceae
    • Họ Woodsiaceae (gồm Athyriaceae, Cystopteridaceae)
    • Họ Blechnaceae (gồm Stenochlaenaceae)
    • Họ Onocleaceae
    • Họ Dryopteridaceae (gồm Aspidiaceae, Bolbitidaceae, Elaphoglossaceae, Hypodematiaceae, Peranemataceae)
    • Họ Oleandraceae
    • Họ Davalliaceae
    • Họ Lomariopsidaceae (gồm Nephrolepis)
    • Họ Polypodiaceae (gồm Drynariaceae, Grammitidaceae, Gymnogrammitidaceae, Loxogrammaceae, Platyceriaceae, Pleurisoriopsidaceae)
    • Họ Tectariaceae
  • Bộ Salviniales
    • Họ Marsileaceae (gồm Pilulariaceae)
    • Họ Salviniaceae (gồm Azollaceae)
  • Bộ Schizaeales
    • Họ Lygodiaceae
    • Họ Anemiaceae (gồm Mohriaceae)
    • Họ Schizaeaceae
  • Bộ †Zygopteridales